令和2年7月4日現在の役員は以下の通りです。

理事長宮原 正典
理事(経営企画担当)堀井 豊充
理事(総務・財務担当)齋藤 伸郎
理事(水産資源担当)田中 健吾
理事(水産技術担当)青野 英明
理事(水産大学校代表)荒井 修亮
理事(さけます・開発調査・人材育成担当)中田 薫
監事鈴木 孝
監事檜山 義明