令和3年6月23日現在の役員は以下の通りです。

理事長中山 一郎
理事(経営企画担当)堀井 豊充
理事(総務・財務担当)齋藤 伸郎
理事(水産資源担当)田中 健吾
理事(水産技術担当)青野 英明
理事(水産大学校代表)荒井 修亮
理事(さけます・開発調査・人材育成担当)中田 薫
監事原口 淳一
監事浜野 かおる